En un futuro lejano, en un planeta que una vez fue llamado Tierra, los campesinos del pueblo de Kanna sufren continuamente los ataques de los Nobuseri, samuráis arruinados por la ausencia de guerras en las que luchar, por lo que para sobrevivir se dedican a robar la comida y las mujeres de los pequeños e indefensos pueblos. Un año antes de la época de cosecha, Gisaku, el jefe de uno de estos pueblos, propone contratar a unos samuráis para que les protejan de la amenaza de los Nobuseri. Kirara y Komachi, dos hermanas sacerdotisas, acompañadas por Rikichi, se ofrecen voluntarias para ir a la ciudad y buscar a los samuráis que les puedan defender.
Samurái 7 relata la historia de una villa arrocera, Kanna. Cada año durante la cosecha, un grupo de bandidos, los Nobuseri, viene y les arrebata casi todo el arroz que habían cosechado ese año los campesinos. Y no solo eso, los bandidos comenzaban a volverse más demandantes, ahora tomando a las mujeres y niños en adición al arroz.
El jefe de la villa Kanna decide que para proteger la villa ellos deben reclutar samuráis para pelear contra los bandidos. Sin embargo, los aldeanos no tienen dinero y por ello deben encontrar samuráis dispuestos a proteger la villa a cambio de arroz. Tres miembros de la aldea viajan a la ciudad en busca de samuráis. Allí encuentran unos pocos y tras unos cuantos encuentros con el gobierno local, regresan a la villa Kanna para preparar la defensa contra los bandidos.
Los samuráis entrenan a los aldeanos en el uso del arco, edificar paredes y construir una gran ballesta para defender la villa de los bandidos. Tras derrotar a los bandidos, los samuráis viajan hacia la capital con la intención de rescatar a las mujeres de la aldea que habían sido secuestradas. Tras varias revueltas políticas los samuráis acaban atacando a la ciudad y tras la muerte de varios de ellos y la casi destrucción de la villa Kanna, la capital finalmente es derrotada.